A NÉBIH alapító okiratának megfeleően, a Vidékfejlesztéi Miniszter az 1/2013. (I. 8.) VM utasítással kiadta a Szervezeti és Működési Szabályzatot, amely részletesen meghatározza a hivatal működését, felépítését és feladatait.

Jelen Szervezeti és Működési Szabályzat a nemzeti Élelmiszerlánc-biztonsági Hivatal személyi állományával, vezetőivel, szervezeti egységeinek felépítésével, a NÉBIH feladatkörével és működésével, valamint a NÉBIH és a megyei kormányhivatalok mezőgazdasági szakigazgatási szervei közötti szakmai irányítási viszonyokkal kapcsolatos kérdéseket szabályozza. Az SZMSZ itt érhető el.